@R語言
動態 列表pheatmap實用參數（二）
# Create test matrix（造數據） set.seed(6) test = matrix(rnorm(200), 20, 10) test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3 test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2 test[15:20
昵稱 歪歪ba
性能的極致,Rust的加持,Zed-Dev編輯器快速搭建Python3.10開發環境
快就一個字，甚至比以快著稱於世的Sublime 4編輯器都快，這就是Zed.dev編輯器。其底層由 Rust 編寫，比基於Electron技術微軟開源的編輯器VSCode快一倍有餘，性能上無出其右，同時支持多人編輯代碼。 安裝和配置Zed.dev Zed.dev編輯器還在灰度測試階段，暫時只釋出了Mac版本，在Zed.dev官網下載，安裝成功後，進入Zed.dev編輯器，使用組合鍵 Command
昵稱 v3ucn
R語言數據繪圖學習（0x01）-安裝ggplot2與嘗試
0x01 安裝與R基礎 一直聽説數據分析裏R語言是比較‘正統’，況且久聞ggplot2這些R語言的數據分析庫大名，想到今後數據分析和整理的需要，這裏開一個簡單的系列學習一些R語言和ggplot2的繪圖基礎。本人學習的書籍是Winston Chang大佬的《R Graphics Cookbook》，且稍有一點Python裏的Plotnine繪圖基礎。但我算是R語言小白，所以整個系列也可以記錄自己學習
昵稱 ytcboy
Bulk RNA-seq 基本分析流程
目的： 對illumina數據進行處理，利用 RNA-Seq 發現新的 RNA 變體和剪接位點，或量化 mRNA 以進行基因表達分析等。對兩組或多組樣本的轉錄組數據，通過差異表達分析和對所發現的差異表達基因集合進行功能富集分析以推斷生物學功能。 數據準備： 數據下載： Humangenome(GRCh38/hg3)：Index of /goldenPath/hg38/chromosomes (
昵稱 相遂
Windows配置R語言、RStudio開發環境
本文介紹R語言及其集成開發環境RStudio的下載、安裝方法。 R語言是一個屬於GNU操作系統的開源軟件，在數據統計與分析、可視化等方面具有優秀的表現；而RStudio則是R語言的集成開發環境（IDE），可以幫助我們更好地編輯、調試R語言的代碼。這二者的關係有點類似於Python與Spyder的關係——我們可以只下載R語言，用其自帶的原生編輯窗口來完成代碼的撰寫與運行等工作；而如果想提高代
昵稱 瘋狂學習GIS
基於R語言的raster包讀取遙感影像
本文介紹基於R語言中的raster包，讀取單張或批量讀取多張柵格圖像，並對柵格圖像數據加以基本處理的方法。 1 包的安裝與導入 首先，我們需要配置好對應的R語言包；前面也提到，我們這裏選擇基於raster包來實現柵格圖像數據的讀取與處理工作。首先，如果有需要的話，我們可以先到raster包在R語言的官方網站中，查閲raster包的基本情況，比如其作者信息、當前的版本、所依賴的其他包等等；如
昵稱 瘋狂學習GIS
地理探測器R語言實現：geodetector
本文介紹基於R語言中的geodetector包，依據多張柵格圖像數據，實現地理探測器（Geodetector）操作的詳細方法。 需要説明的是，在R語言中進行地理探測器操作，可以分別通過geodetector包、GD包等2個包實現。其中，geodetector包是地理探測器模型的原作者團隊早先開發的，其需要保證輸入的自變量數據已經全部為類別數據；而GD包則是另外一位學者開發的，其可以自動實現
昵稱 瘋狂學習GIS
基於R語言的GD庫實現地理探測器並自動將連續變量轉為類別變量
本文介紹基於R語言中的GD包，依據柵格影像數據，實現自變量最優離散化方法選取與執行，並進行地理探測器（Geodetector）操作的方法。 首先，在R語言中進行地理探測器操作，可通過geodetector包、GD包等2個包實現。其中，geodetector包是地理探測器模型的原作者團隊開發的，其需要保證輸入的自變量數據已經全部為類別數據；其具體操作方法大家可以參考地理探測器R語言實現：ge
昵稱 瘋狂學習GIS
繪製三元圖、顏色空間圖：R語言代碼
本文介紹基於R語言中的Ternary包，繪製三元圖（Ternary Plot）的詳細方法；其中，我們就以RGB三色分佈圖為例來具體介紹。 三元圖可以從三個不同的角度反映數據的特徵，因此在很多領域都得以廣泛應用；如下圖所示，就是一個最簡單的三元圖。其中，基於R語言中的Ternary包，我們可以非常方便地繪製三元圖；本文就對其具體繪製方法加以介紹。 首先，由於我們需要用到R語言中的Ter
昵稱 瘋狂學習GIS
R語言求取大量遙感影像的平均值、標準差：raster庫
本文介紹基於R語言中的raster包，批量讀取多張柵格圖像，對多個柵格圖像計算平均值、標準差，並將所得新的柵格結果圖像保存的方法。 在文章基於R語言的raster包讀取遙感影像中，我們介紹了基於R語言raster包，對單張或多張柵格圖像加以平均值、標準差計算的方法；但這一篇文章中的標準差計算方法僅僅可以對一張柵格圖像的全部像元加以計算，即標準差計算結果是一個具體的數值，而不是一景結果影像；
昵稱 瘋狂學習GIS
R語言遍歷文件夾求取其中所有柵格文件的平均值
本文介紹基於R語言中的raster包，遍歷讀取多個文件夾下的多張柵格遙感影像，分別批量對每一個文件夾中的多個柵格圖像計算平均值，並將所得各個結果柵格分別加以保存的方法。 其中，本文是用R語言來進行操作的；如果希望基於Python語言實現類似的平均值求取操作，大家可以參考Python ArcPy批量計算多時相遙感影像的各像元平均值與Python忽略NoData計算多張遙感影像的像元平均值：w
昵稱 瘋狂學習GIS
R語言將多景遙感影像拼接在一起的方法
本文介紹基於R語言中的raster包，遍歷文件夾，讀取文件夾下的大量柵格遙感影像，並逐一對每一景柵格圖像加以拼接、融合，使得全部柵格遙感影像拼接為完整的一景圖像的方法。 其中，本文是用R語言來進行操作的；如果希望基於Python語言實現類似的批量拼接、鑲嵌操作，大家可以參考Python arcpy創建柵格、批量拼接柵格與Python ArcPy批量拼接長時間序列柵格圖像這兩篇文章。 首
昵稱 瘋狂學習GIS
SMOTE與SMOGN算法R語言代碼
本文介紹基於R語言中的UBL包，讀取.csv格式的Excel表格文件，實現SMOTE算法與SMOGN算法，對機器學習、深度學習迴歸中，訓練數據集不平衡的情況加以解決的具體方法。 在之前的文章SMOGN算法Python實現：解決迴歸分析中的數據不平衡中，我們介紹了基於Python語言中的smogn包，實現SMOGN算法，對機器學習、深度學習迴歸中訓練數據集不平衡的情況加以解決的具體方法；而我
昵稱 瘋狂學習GIS
R語言基於表格文件的數據繪製具有多個系列的柱狀圖與直方圖
本文介紹基於R語言中的readxl包與ggplot2包，讀取Excel表格文件數據，並繪製具有多個系列的柱狀圖、條形圖的方法。 首先，我們配置一下所需用到的R語言readxl包與ggplot2包；其中，readxl包是用來讀取Excel表格文件數據的，而ggplot2包則是用以繪製柱狀圖的。包的下載方法也非常簡單，以readxl包為例，我們輸入如下的代碼即可。 install.packag
昵稱 瘋狂學習GIS
R語言入門筆記：第一節，快速瞭解R語言——文件與基礎操作
目錄 關於 R 語言的簡單介紹 到什麼地方去找 R 語言的教程 R 語言的基本語法 文件與路徑 為什麼要注意路徑問題？ 關於文件格式 R Script 與 R Markdown R Script R Markdown YAML 頭部 Markdown 文
昵稱 多玩我的世界盒子
R繪圖小工具-配色篇（1）- 色彩展示函數
寫在前面：作為一個剛開始從業生信的吊車尾，認為生信技能要來自於網羅，舉一反三，加以思考，為自己的目的加以練習。 本次的思路來自於RColorBrewer和ggsci 目標：做一個便於保存自己配色，且隨時進行查看的Rscript，後續考慮實用性，再加以製作R包 下面是一個簡單的基於 Base Plotting System 的繪圖代碼，便於適用於不同版本的base-R 功能：輸入一個色彩向量，自動畫
昵稱 lerxiu