挖呀挖！AutoDock 分子對接極簡實踐方法👋

哈哈哈 開心😆

在小小的花園裏面挖呀挖呀挖 🌱

種下一顆小小的種子🫘

開出一朵小小的花🌸

在大大的花園裏面挖呀挖呀挖🌱

種下一顆大大的種子🫘

開出一朵大大的花🌸

挖呀挖呀挖🌱！更多的是一顆擁抱童真的心😁，在科研和生活之間找到平衡感，並保留一份屬於自己的空間。

分子對接是一種廣泛應用於藥物發現的基於計算機結構的方法。對接能夠識別具有治療意義的新型化合物，在分子水平上預測配體-靶標相互作用，或描繪結構-活性關係 (SAR)，而無需先驗地瞭解其他靶標調節劑的化學結構。

今天大軒來和大家一起來複現一篇發表在International Journal of Molecular Sciences雜誌（IF=6.208，JCR1區）一篇SCI論文中的分子對接模式圖。

Binding efficacy of key genes to small molecule drugs

Part1復現思路

Part2視頻教程

《挖呀挖！AutoDock 分子對接極簡實踐方法👋》視頻教程在B站空間“大軒的成長花園”發佈哦！

Part3實踐方法

1下載蛋白與化合物結構文件

BIRC3

• 作為受體, 

Glucocorticoid

• 作為配體。

1. 
   

2. 從RCSB PDB數據庫（http://www.rcsb.org/）中找到受體蛋白BIRC3的3D結構模式，保存為“PDB”格式文件。






3. 
   

4. 從PubChem數據庫下載 Glucocorticoid的2D結構。

2受體與配體的結構預處理

• 我們將使用

Chem3D

• 、

Pymol

• 、

AutoDock Vina

• 軟件來對已經下載好的結構文件進行優化和預處理。

1. 
   

2. 針對Glucocorticoid配體文件，導入Chem 3D軟件，進行能量最小化，輸出為“MOL2”格式以保存其3D結構,並導入AutoDock Tools 1.5.6軟件再輸出為“PDBQT”格式文件。






3. 
   

4. 針對BIRC3受體文件，利用PyMOL 2.4.0軟件去除水分子和蛋白質受體中的原有配體，另存為pdb格式。



Pymol命令行快速操作

remove solvent
remove organic




5. 
   

6. 使用AutoDock Tools 1.5.6軟件對受體蛋白加氫處理，並輸出為“PDBQT”格式文件。

3尋找活性口袋並設置參數

POCASA網站

2. 來預測蛋白質潛在的活性口袋

AutoDock Tools 1.5.6

2. 軟件設置對接盒子的參數

4AutoDock分子對接

AutoDock Tools 1.5.6

• 軟件進行分子對接。

5對接結果可視化

PyMOL

• 和 Discovery Studio進行可視化分析。詳情見視頻吧！

Part5共勉

下面這句話是大軒在學習分子對接過程中，被軟件各種報錯折磨時（這也是大軒建立知識星球的原因），在ResearchGate上面一位善良的大佬鼓勵大軒的一句話，大軒觸動很深，和大家共勉：

Part6演示文件與安裝包

大軒的AutoDock

• ，我會把全部演示文件與分子對接軟件安裝包發給你，幫助你來複現實操以快速掌握分子對接技術。

因水平有限，有錯誤的地方，歡迎批評指正！

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Part7參考資料📚

1. Molecular Docking: Shifting Paradigms in Drug Discovery（PMID:31487867）
2. Single-Cell Sequencing-Based Validation of T Cell-Associated Diagnostic Model Genes and Drug Response in Crohn's Disease（PMID:37047025）
3. Combining machine learning systems and multiple docking simulation packages to improve docking prediction reliability for network pharmacology（PMID: 24391846）
4. 利用autudock vina將1000個配體與蛋白質進行分子對接
5. POCASA網站
6. 如何確定對接口袋？
7. ResearchGate

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